Nel 1997 Naoko Shimizu ha vinto il primo premio all’ARD International Music Competition di Monaco, diventando la prima violista in 21 anni a vincerlo. Da allora è sempre stata benvenuta sulla scena musicale in ambito internazionale. In precedenza aveva vinto il Concorso internazionale a Ginevra nel 1996 e il primo premio al Concorso internazionale strumentale a Markneukirchen (Germania) nel 1995. Nel 1998 ha vinto il Young Concert Artist International Auditions negli Stati Uniti.
Shimizu ha suonato come solista con orchestre come la Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, la SWR Radio-Sinfonieorchester Stuttgart, l’Orchestre de la Suisse Romande, gli Archi di Budapest al Rheingau Musik Festival così come con diverse orchestre giapponesi. È anche apparsa in recital in tournée negli Stati Uniti, in Italia e in Giappone.
Come appassionata musicista da camera è stata invitata, tra gli altri eventi, al Lockenhaus Music Festival, al Marlboro Music Festival e ha suonato in quintetto con l’Emerson String Quartet e il Tokyo String Quartet. Dal 2001 è violista principale dei Berliner Philharmoniker.