Il Cortile d’Onore si apre al piano terreno di Corte Vecchia, in relazione con il cosiddetto appartamento vedovile di Isabella d’Este. Quest’ultima si trasferì in questa parte del Palazzo a seguito della morte del marito Francesco II Gonzaga nel 1519 e allestì un nuovo appartamento riccamente decorato. Lo spazio del portico era decorato con una serie di raffigurazioni di città dalle quale derivava il nome di Loggia delle città. Attualmente vi è esposta una selezione delle raccolte epigrafiche di Palazzo Ducale.